Ban đầu chùa Khánh An chỉ là ngôi chùa nhỏ, là nơi tập hợp của nhiều chiến sỹ yêu nước, cũng chính vì thế, ngôi chùa cũng đã nhiều lần bị thực dân Pháp tấn công, tàn phá. Mãi đến năm 2006, ngôi chùa mới được tồn tạo lại và được xây dựng hoàn thiện bề thế như bây giờ.[8] Tu viện Khánh An mang phong cách của Phật giáo Bắc Tông, đậm nét kiến trúc Á đông. Chánh điện mang tên Phật đường tỉnh thức với kết cấu chính từ gỗ, là nơi tụng kinh, toạ thiền của chư tăng, phật tử. Màu sắc của tu viện có 3 gam màu chủ đạo là nâu gỗ, màu trắng của vôi và màu vàng của những hoa văn trang trí.[8] Quanh khuôn viên là những chiếc đèn làm bằng gỗ, dán giấy hình lục giác thường thấy trong các lễ hội hoặc ở lối đi cổng đền chùa của Nhật Bản. Trên nóc của nhà tăng và khách đường là tòa tháp với màu đỏ và mái ngói ít hình rồng phượng. Điểm nhấn là phần chóp tháp màu vàng cao vút trên nền trời, kiến trúc thường thấy trong đền chùa Nhật Bản.[7]

Nhìn từ xa, Tu viện Khánh An nổi bật với tông màu đỏ bắt mắt và phong cách kiến trúc ấn tượng. Trên mạng xã hội, nhiều cái tên mỹ miều được đặt cho tu viện Khánh An như Nhật Bản thu nhỏ giữa đất Sài Gòn, ngôi chùa mang phong cách xứ Phù Tang, tuy vậy, đại diện tu viện Khánh An cho biết, nhiều người vẫn nhầm tưởng rằng tu viện Khánh An xây dựng theo lối kiến trúc của Nhật Bản nhưng, tu viện được xây dựng hoàn toàn theo phong cách chùa chiền cổ xưa của người Việt, gam màu hiện hữu cũng rất thân thuộc với người Việt, ví dụ như màu đỏ từ gạch - đất, màu xám từ khói, màu trắng từ vôi, tu viện Khánh An cũng không có những hình tượng rồng, phượng hoặc các họa tiết trang trí màu sắc sặc sỡ như nhiều ngôi chùa khác ở phương Nam vì đây là nét văn hóa cung đình Việt.[9] Dấu ấn của tu viện đó chính là màu xanh của cây cối. Kiến trúc ở đây không có rồng, không có phượng cũng không có những con linh thú.[10]